1960年以前，红古地区原属永登县管辖。

1960年4月，红古区成立后，组建人民检察院，内设审批组、起诉组、接待室、办公室，配备干部6人，其中检察长（副职）1人，检察员1人，书记员、科员、办事员（兼职）2人。

1966年，“文化大革命”开始后，检察院各项工作受到冲击，1967年4月，红古区实行军事管制，成立红古区军事管制委员会。同年6月，成立红古区公、检、法军事管制组，检察院被撤销，军管组下设审案组。1968年1月，红古区公、检、法全体干部分别到天水步校、平安台、兰州市“五七”干校参加学习、劳动。1969年3月，红古区成立保卫部，下设审案组（预审、批捕、起诉、审判），检察职能由该组履行。

     1978年，全国第五届人民代表大会作出重新设置人民检察机关的决定。同年4月，开始筹备红古区人民检察院，1979年3月1日，红古区人民检察院正式恢复成立。年底，经区委批准，设审批起诉检察组、法纪经济检察组、办公室，配备干部6人。

    经过机构变革及司法改革调整，现红古区人民检察院下设五个部室，分别是：办公室、政治部、第一检察部、第二检察部、第三检察部。

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